Með berggrunni er átt við föst jarðlög til aðgreiningar frá lausum yfirborðslögum. Í Skaftafelli er nóg af hvoru tveggja. Sandarnir, þ.e. Skeiðarársandur og Breiðamerkursandur eru dæmi um laus óhörðnuð jarðlög sem stórfljótin frá Vatnajökli hafa borið fram. Nær fjöllunum kemur fasta bergið í ljós, svo sem hraunlög og móberg. Um ýmsar gerðir bergs er að ræða og oft stjórnuðu aðstæður á gosstað því hvers konar berg storknaði. Á hlýskeiðum og jökullausu landi runnu hraunlög en undir ís storknuðu ýmsar gerðir móbergs. Berggrunnurinn tekur því við þar sem sandarnir enda, þ.e. við fjallsrætur, og nær yfirleit til hæstu tinda. Þó hylja skriður stór svæði á köflum, sem og jöklar eða snjóaflákar.

Berggrunnskort af Skaftafelli

Vinir Vatnajökuls