Jarðhiti hefur lengi verið þekktur í Morsárdal, bæði við Heitulæki og eins neðst í hlíðum Jökulfells. Í Jökulfelli mældi Jón Jónsson, jarðfræðingur, hita vatnsins 70°C árið 1951, skömmu eftir að Skeiðará hafið sópað þar burt ruðningi af klöppunum. Seinna huldu hins vegar Skeiðarárhlaup klapparinar og síðan þá hefur hitinn mælst þetta 60°C, þ.e. úr sjálfrennandi lindum við rætur fjallsins. Nýlega var gert átak til að finna heitt vatn við tjaldstæðið í Skaftafelli. Sú leit bar góðan árangur því 51.3° heitt vatn fannst á 299 m dýpi í holu, um 500 hundruð metrum vestan við þjónustumiðstöðina. Þótt magnið sé ekki mikið er það samt staðfesting þess að vatn sé að finna í Skaftafelli og eins líklegt að finna megi meira magn og heitara vatn með auknu dýpi. Hægt er að skoða grein Jóns Jónssonar um jarðhita í Jökulfelli hér

 

Vinir Vatnajökuls